1）畜牧業快速發展和資金短缺、土地供給不足的矛盾依然突出。主要表現為畜牧企業融資難、用地難，尤其是平原地區，閑散土地急劇減少，基本農田紅線不能逾越，土地流轉困難，嚴重制約了規模養殖的發展，成為了現代畜牧業發展的瓶頸問題。2）生產結構不夠優化。肉牛、奶牛等草食牲畜發展依然相對較慢，豐富的農作物秸稈資源沒有得到有效利用。種養結合不密切，循環鏈條不暢，畜禽養殖廢棄物沒有得到有效利用。大型畜產品加工龍頭企業依然較少，產業鏈條短，產銷銜接不緊密，利益聯結機制尚不完善，生豬價格持續低迷、奶業出現倒奶現象等都是產銷不緊密的直接體現。3）產品價格波動頻繁。國內畜牧業效益低與國外畜產品價格倒掛矛盾日益突出，國外畜產品成本低，我國畜產品成本高，國外玉米、奶粉價格比國內低一半左右，必然導致進口量增加。目前，國外優質低價畜產品對國內畜產品沖擊已經顯現，導致我國畜產品處于弱勢競爭地位，將會引起畜產品價格波動加劇。4）養殖糞污治理任務艱巨，大部分畜禽養殖場糞污處理設施不完善，或是根本沒有處理設施，不僅造成有機肥資源的浪費，而且給周邊環境造成了一定影響，甚至對水體和土壤造成污染。5）大型養殖企業擴張存在一定程度上的無序性，生豬規模場發展表現尤為突出，造成生豬生產過剩，生豬價格低位運行，致使養殖企業虧本經營長時間難以扭轉。